In 1603 werd hij als eerste Noord-Nederlandse theoloog tot hoogleraar benoemd aan de nog jonge Universiteit van Leiden en naar de trant van die tijd verlatiniseerde hij zijn naam als geleerde tot Jacobus Arminius.

Al spoedig kwam hij in conflict met zijn collega Gomarus over het leerstuk van de voorbeschikking, waarin gesteld wordt dat de wil van de mens volledig gebonden is aan wat God heeft voorbeschikt.

Arminius bepleitte echter enige speelruimte voor de vrije wil van de mens maar deze gedachte werd indertijd als godslasterlijk van de hand gewezen. In een remonstrantie (verweerschrift) hebben leerlingen erkenning voor Arminius visie willen verkrijgen, doch de Synode van Dordrecht heeft deze in 1619 voorgoed verworpen.

Jacob Arminius wilde met zijn denken een brug slaan tussen het reformatorische gedachtegoed van Calvijn en het bijbelse humanisme van Erasmus. Ondanks de aanvankelijke tegenwerking werd hij de wegbereider van een vorm van christendom, waarin rede, vrijheid en verdraagzaamheid bepalende factoren zijn geworden.